Mikrobiologi

Her bruker vi analyser innen klassisk mikrobiologi og molekylære metoder, slik at vi kan identifisere de mest vanlig forekommende sykdomsbakteriene hos oppdrettsfisk. Våre tjenester omfatter også antimikrobiell følsomhetstesting samt vann- og miljøanalyser for overvåking av mikrobiota i både RAS-anlegg og gjennomstrømmingsanlegg.

Videre vil vi utvikle våre tjenester til å inkludere moderne NGS-teknologi (Next Generation Sequencing) for omfattende og hurtig karakterisering av gener og genomer fra bakterier og virus som er relevante innen diagnostikk. De nye tjenestene omfatter fullgenombestemmelse av bakterier og virus for både slektskapsbestemmelse og sporing av smitteveier, samt karakterisering av potensielle nye bakterier og virus i oppdrettsnæringen.  I tillegg ønsker vi å sekvensere og overvåke mikrofloraen i oppdrettsmiljøet, for å sørge for økt kunnskap om hvordan sammensetning og variasjon av mikrobiotaprofiler påvirker fiskehelse og -velferd.

Mikrobiologi er et viktig verktøy for diagnostikk i oppdrettsnæringen, og det er behov for økt kunnskap både med tanke på spesifikke patogener samt struktur og sammensetning av bakterieflora i RAS-anlegg.

Mikrobiologiprodukter

Utredning av prøvemateriale

Det anbefales å sende inn prøver som bakterieutstryk fra nyre, sår eller annet vev i egnet vekstmedium. Ettersom visse bakteriepatogener vokser dårlig i næringsrike medier, og noen sent-voksende patogener raskt vil undertrykkes av patogener som vokser raskere i et næringsrikt medium, anbefaler vi utstryk på både næringsrik og næringsfattig agar. For prøver fra ferskvann skal blodagar og Ordals medium brukes, og for prøver fra sjø brukes blodagar m/2 % NaCl og marinagar. Etter inkubering vurderes relevante bakteriekolonier på agarskåler for videre analyse. Utvalgte kolonier overføres til nye skåler og isoleres for dyrking av rene bakteriekulturer Bakterier identifiseres ved hjelp av klassisk mikrobiologi og molekylære metoder.

Utredning av prøvemateriale, f.eks. sårfisk

Utføres på samme måte som ved utredning av prøvemateriale, men inkluderer separate bakterieutstryk fra både sår og indre organ for å vurdere om sårinfeksjonen er systemisk.

Miljøprøve

Svaberprøver i transportmedium eller utstryk på skål fra svaber, analyseres for kvantifisering av spesifikke bakteriegrupper eller for generell bakterievekst.

AMR-testing

Bruk av «disk-diffusjon-analyse» for å vurdere bakteriers følsomhet for et relevant utvalg av antibakterielle midler.