NGS og Mikrobiell Samfunnsanalyse: Hva er det?

Forbedret vannkvalitet, sykdomsforebygging og optimalisert drift

Med en mikrobiell samfunnsanalyse, har vi mulighet til å se hva som befinner seg av bakterier i alle deler av produksjonen. En sunn mikrobiell balanse kan bidra til å redusere risikoen for sykdomsutbrudd blant fiskene ved å undertrykke veksten av patogene mikroorganismer. Under tar vi for oss 3 ulike bruksområder for mikrobiell samfunnsanalyse, og belyser fordeler av økt innsikt gjennom nye verktøy.

Biofilter

For å vurdere biofilteret, ser vi på de mikroorganismene som utfører omdannelsen av ammoniakk til nitritt (Ammoniakk-oksiderende) og fra nitritt til nitrat (nitritt-oksiderende). I velfungerende biofiltre trenger vi tilstedeværelse av begge gruppene. Når vi ser spesifikt på disse gruppene, så kan det fortelle oss noe om effekten av biofilteret. I figur (Fig. 1) sees et eksempel på nettopp dette. Prøvene tatt fra avdeling 1 viser at det er en god forekomst av nitrifiserende grupper. Selv om det er noe lavere forekomst ved uttak på våren, var det forekomst på over 10 %. I avdeling 2 var > 2 % forekomst av nitrifiserende grupper ved høstuttaket og ingen funn ved uttak på våren. Dette identifiserer biofilteret i avdeling 2 som dårlig presterende og lite fungerende, samt biofilteret i avdeling 1 som velfungerende og stabilt.

Figur 1. Andelen nitrifiserende grupper tatt fra biofilter, fra to ulike avdelinger over tid.

Inntaksvann

Endringer i mikrobiotaen sees gjennom sesongen (Fig.2). Disse endringene kommer markant spesielt i overgangen mellom varmere til kaldere vanntemperaturer. Dette endrer den mikrobielle sammensetningen i vannet og kan dermed potensielt gi mulighetsrom for ugunstige organismer. Mulighet til å justere på vanninntaket for å kunne variere gjennom sesongen kan være et viktig virkemiddel for å sikre god vannkvalitet.

Figur 2. Mikrobiell sammensetning for inntaksvann ved forskjellige dybder, over en tidsperiode på rundt 1.5 år.

Hudhelse og sårutvikling

Ved å se på mikrobiotaen på hud vil man kunne se om huden har en mikrobiota assosierte med frisk hud. Ved å analysere hud mikrobiomet vil man kunne se om mikrobiotaen beveger seg i feil retning, med en forøkning av uønskete sykdoms-assosierte bakteriegrupper. Når disse gruppene øker i mengde, faller gjerne det vi kaller for den relative diversiteten – altså det blir mindre av de mer gunstige bakteriegruppene. Dette kan fanges opp før det danner sår, slik at man har mulighet til å tilpasse tiltak basert på risikoen for sårdannelse i gruppen. I sår vil man finne de bakteriene som driver sårets tilstand og som trives godt i såret på uttakspunktet.

Figur 3. Mikrobiell sammensetning på hud fra tre ulike kategorier av fisk - frisk fisk, fisk uten synlig sår, og sårfisk.