Økt innsikt ved analyse av bakteriesamfunn

Verktøy for kartlegging av bakteriesamfunn

I Pharmaq Analytiq bruker vi 16S-samfunnsanalyse, som er en sekvenseringsbasert metode for identifisering av bakterier i et prøvemateriale. Det er en kraftig teknikk, som analyserer genetisk materiale, for å studere komplekse bakteriesamfunn, uten behov for tradisjonell dyrking.

Hvordan bruke 16S-samfunnsanalyse?

Optimalisere biofilterprestasjon i RAS

I RAS-anlegg er biofilteret kritisk for vannkvalitet og stabilitet. Med vår 16S-samfunnsanalyse kan vi:

·       Overvåke stabiliteten i nitrifiserende bakteriepopulasjoner

·       Fange opp mikrobielle endringer som kan indikere risiko for svikt i biofilter

·       Sammenligne mikrobielle samfunn i ulike biofilterdesign eller driftsstrategier

Eksempel fra felt: 2 avdelinger i et RAS-anlegg (figur 1) hadde ulik ytelse, og man ønsket å kartlegge bakgrunnen for ulikhetene. 16S-samfunnsanalyse ble brukt for å få innsikt i biofiltrenes modenhet, og undersøke effekt av innsett av fisk på biofilterets prestasjon.

Resultatene viste en lavere andel nitrifiserende bakterier i avd 1, mens det i avd 2 var en sunnere og mer stabil nitrifiserende populasjon. Dette gir innsikt i hvor tiltak bør rettes for å sikre optimal biofilterfunksjon.

Biofilteret i Avd 2 var eldre og modent, mens filteret i Avd 1 var blitt tatt ned for vask og reetablert før ny fisk ble satt inn. De relative nivåene av nitrifiserende bakterier indikerer at biofilteret trengte mer tid på modning før bruk.

I dette tilfellet fortalte samfunnsanalysen at man burde vente lenger med å sette fisk inn i systemet, og heller bruke mer tid på å modne biofilteret i Avd 1. En god ide vil være å fôre filteret med ammoniakk en stund, for å etablere en høyere andel nitrifiserende bakterier før man tar i bruk avdelingen.

Regelmessig samfunnsanalyse gir innsikt som kan bidra til tidlig varsling og optimal drift.

Figur 1: 16S-Samfunnsanalyse utført fra biofilter, over tid ved to ulik avdelinger.

Kontroll på hudhelse

Fisken bærer med seg sitt eget mikrobielle samfunn – særlig på hud og gjeller. Dette fungerer som et første forsvar mot smittestoffer. Med 16S-Samfunnsanalyse kan vi:

·       Måle hvordan karmiljøet påvirker fiskens mikrobielle samfunn

·       Se sammenheng mellom hudhelse og bakteriesammensetning

·       Fange opp tidlige tegn på ubalanse, f.eks. ved sårutvikling eller stress

Eksempel fra felt: 16S-Samfunnsanalyse ble brukt for å kartlegge hudhelse hos laks på sjø. Det ble sett på mikrobielle profiler fra individer med sunn hud (uten anmerkninger), hud i risikosone (noe skjelltap) og hud med sår (Figur 2). Resultatene fra hud klassifisert som sunn, viste en mikrobiota med høy diversitet og god balanse. Fra hud klassifisert som i risikosone, så man at mikrobiotaen hadde høy andel Tenacibaculum spp, som kan være en indikasjon på begynnende ubalanse. Fra huden som var assosiert med sår, så man at mikrobiotaen var kraftig dominert at patogener som Tenacibaculum spp. og Moritella spp, som ofte ses ved aktiv sykdom. Oppsummert viste kartlegging av hudhelse vha 16S-samfunnsanalyse, en helhetlig innsikt i dynamikken forbundet med sårutvikling. Resultatene kan brukes til å bedre forutsi hudens status, og muliggjøre preventive tiltak dersom det oppdages hud i risikosone.

Figur 2: 16S-Samfunnsanalyse på prøver fra hud. Sunn hud og hud med risiko er tatt fra fisk uten synlige sår, og hud med sår er tatt fra sårfisk.

Prøvetaking – enkelt og effektivt

Prøvetaking gjøres enkelt med svaber av biofilm, overflater eller fisk, og filter for vannprøver.  Ta kontakt med oss for mer informasjon – uttaksveileder finner du her. 

Fremtidsutsikter

Data fra 16S-Samfunnsanalyse har allerede begynt å endre hvordan man tenker om hygiene, vannkvalitet og fiskehelse. Når resultatene kombineres med produksjonsdata, gjør det oss bedre rustet til å se sammenhenger og kunne handle preventivt – et viktig steg mot bærekraftig og effektiv produksjon.

Vi i PHARMAQ Analytiq tilbyr skreddersydd 16S-Samfunnsanalyse for ditt anlegg, med fokus på praktisk nytte og forståelige rapporter.

Ta kontakt med oss for å lære mer, eller for å starte overvåkning i ditt anlegg.