MicrobeVision - ny, forenklet metode for uttak, forsendelse og prosessering av prøver til mikrobiologi

Bakgrunn

Tradisjonell metodikk for uttak av prøver til mikrobiologi baserer seg på utstryk på egnet vekstmedium (agarskål) fra nyre og/eller sår, eventuelt andre typer vev. Vi har sett flere utfordringer med denne metodikken som kan påvirke kvaliteten til mikrobiologianalysene. Eksempelvis brukes det gamle agarskåler, feil type agar, manglende fortynning av utstryk og for lang inkubasjonstid. Dette kan hemme vekst av aktuelle bakterier eller føre til overvekst av miljøbakterier, som i verste fall kan skjule de bakteriene man ønsker å påvise.

Ny metode for uttak – MicrobeVision  

MicrobeVision er et rør med transportmedium, som tar vare på bakteriene i vevet ved transport inn til laboratoriet. En liten bit vev legges direkte på transportmediet og sendes til laboratoriet uten videre arbeid i felt. Prøver til mikrobiologi blir dermed like enkelt som til RT-PCR. Ved ankomst til laboratoriet sås prøven ut på de aktuelle agarskålene i ulike fortynninger. MicrobeVision inneholder ulike salter som ivaretar levedyktigheten til bakterier, både fra sjø-, brakk- og ferskvann. Dermed slipper man å ha agarskåler i felt og man sikrer bakteriene god overlevelse i transporten. Se uttaksveileder her>

Denne metoden forenkler prøvetakingen, men også forsendelsen, da rørene tar mindre plass og vil ikke knuse slik som agarskåler ofte gjør. MicrobeVision har også betydelig lengre holdbarhet enn agarskåler, opptil flere måneder når oppbevart kjølig.

MicrobeVision kan benyttes til tradisjonelle vev som hud, nyre og gjeller, men åpner også opp for å kunne utføre mikrobiologiske analyser av vev som det er mer krevende å gjøre tradisjonelle utstryk fra, som yngel og rognkorn, samt levendefôr som Artemia. Metoden kan benyttes for alle typer vev, fra alle typer fisk, både kaldtvanns- og varmtvannsarter, marine og ferskvann.

Som for utstryk på agar, er det også for MicrobeVision viktig at prøvene oppbevares kjølig etter prøveuttak og under forsendelse. Prøvene sendes så raskt som mulig etter prøveuttak (innen 48 timer) med ekspress over natt. Det er viktig at prøvene ikke fryses, da dette vil svekke bakteriene og de vil ikke være dyrkbare. Det anbefales at mikrobiologianalyser igangsettes innen 72 timer etter prøveuttak.

Ved mottak av prøvene vil disse bli prosessert etter standardiserte protokoller og satt opp på egnet vekstmedium, med påfølgende inkubering og videre analyser. MicrobeVision forbedrer kvalitetssikring av mikrobiologianalyser med en standardisering av utstryk, videre muliggjør oppsettet også en kvantifisering av bakterier fra prøvemateriale.

MicrobeVision - svært nyttig nå i vintersårsesongen

På denne årstiden er fisken i sjøen spesielt utsatt for sårbakterier og fiskens hud, i tillegg til skjell og ytre slimlag, utgjør en viktig barriere mot det ytre miljø og beskytter fisken mot skadelige bakterier. Ved håndtering er det stor risiko for at huden skades, slim og skjell skrapes bort og det oppstår en innfallsport for bakterier. Skånsom håndtering, samt å unngå håndtering, spesielt ved fallende temperaturer, er viktig for å minimere risikoen for sårproblematikk.

Flere bakterier kan opptre i forbindelse med sår. Vinterstid har spesielt Moritella viscosa vært regnet som et viktig patogen. I tillegg kan ulike arter av Tenacibaculum spp. og vibriobakterier gi sårproblemer, enten alene eller sammen med andre patogen.

Moritella viscosa

Det er to hovedtyper av Moritella viscosa karakterisert ut ifra serologi og fylogeni; klassisk og variant. Tidligere var det klassisk Moritella som dominerte, og det er denne typen som er inkludert i kommersielt tilgjengelige vaksiner i dag. I den senere tid ser vi at det er variant type som dominerer ved tilbakemelding om sårutvikling og dødelighet. Denne skiller seg serologisk fra vaksineisolatene, noe som kan indikere redusert beskyttelse av tilgjengelige vaksiner. Ved sårproblemer er det derfor viktig å kartlegge hvilken type Moritella fisken er infisert med.

Andre sårbakterier

Spesielt når smolt settes ut ved lave (og fallende) temperaturer kan man oppleve høy dødelighet og sår hvor Tenacibaculum sp. dominerer. Dette har også vært tilfelle på større fisk, samt hos rognkjeks, og bakterien regnes derfor som et mulig primærpatogen.

Det finnes flere ulike arter av Tenacibaculum som er svært utbredt i sjøvann, og all fisk med åpne sår i huden kan derfor bli utsatt for denne bakterien.

I Norge er T. finnmarkense den vanligste tenacibaculumarten, og den diagnostiseres hele året, både i sammenheng med Moritella, men også med andre bakterier eller alene.

Mikrobiologisk utredning kan i tillegg avdekke eventuelle sekundærinfeksjoner. Fra fisk med vintersår blir ofte Aliivibrio wodanis isolert sammen med M. viscosa, og en koinfeksjon med A. wodanis kan påvirke progresjonen til en moritellainfeksjon (Karlsen C., et al. 2014). Mikrobiologisk dyrkning kan påvise Moritella, og eventuell infeksjon med A. wodanis eller andre bakterier, noe som kan bidra til å gi et mer helhetlig inntrykk av fiskens sykdomsbilde.

Histologibilde

Tatt fra laks hvor sykehistorien var høy andel fisk med snutesår.

Bildet til venstre: viser histologisk snitt av laksekjeve med dypt sår (pil). Det er betennelse og blødning (stjerne) innover i bindevevet mellom muskulatur (M) og munnhule. Munnslimhinne = m, tenner = T.

Bilde til høyre: Nærbilde av kjevesår med rikelig forekomst av filamentøse bakterier (piler). E = rester av epidermis, B = blødninger i dermis.

Ved bakteriologisk undersøkelse av sår fra flere fisker ble det påvist Tenacibaculum finnmarkense. Det ble i tillegg påvist sparsomt med Moritella viscosa. Begge bakteriefunn ble bekreftet med PCR.

Vår anbefaling

Om man har klassisk sårproblematikk, og raskt ønsker å avklare om det er tilstedeværelse av M. viscosa, anbefales RT-PCR. Dersom man ønsker en mer helhetlig oversikt over hvilke bakterier som er til stede, anbefales Mikrobiologi og da med metoden MicrobeVision.

Sårutvikling kan ofte komme sekundært til andre sykdomsproblemer, som gjellesykdom eller nedsatt hjertekapasitet. Det anbefales derfor å ta ut histologi av alle organer, inkludert sårkant, for å få et helhetlig bilde av situasjonen. Klinisk syk fisk vil fort pådra seg hudsår som en sekundær infeksjon, og en histologisk vurdering, i kombinasjon med kliniske observasjoner på anlegget, gir ofte et godt grunnlag for å bedømme om sårproblemene er primære eller sekundære.

Anbefalt prøvetakning ved vintersår i sjø

1. Dersom man kun ønsker avklaring ja/nei Moritella bestilles RT-PCR fra sår/nyre.
2. Om man ønsker en full utredning av årsak til vintersårene anbefales det å sende inn nyre og sårkant på hver sitt rør med MicrobeVision.
3. Histologi av sårkanten i tillegg til full organpakke gir et bredere bilde av helsestatus på fisken.